A级纳税人发票取消认证后，增值税扣税凭证抵扣期限的文件规定是否有效？

关于A级纳税人发票取消认证有关事项的温馨提示

    尊敬的纳税人：
　　根据《国家税务总局关于纳税信用A级纳税人取消增值税发票认证有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第7号），“取消认证”只是纳税人可不需要进行扫描认证，登录增值税发票查询平台勾选确认申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息，这相当于之前的扫描环节，增值税发票查询平台将发票电子底账系统导入的数据进行勾选确认后回传至税控认证系统，认证的实质过程仍然存在，所以关于增值税扣税凭证抵扣期限的文件规定依然有效。如尽管总局下发的《增值税发票查询平台操作手册》中的“问题解答”中说明“发票勾选功能可以对发票状态为正常且未超过抵扣时限（按月申报纳税人为本月1日的前180日，按季度申报纳税人为本季度首月1日的前180日）的发票进行勾选”，因此，纳税人依然需要按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条要求的时限选择发票勾选确认。
　　如有其他疑问，请咨询纳税服务热线12366。
　　附

国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知
　　2009年11月9日  国税函[2009]617号

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局：
　　2003年以来，国家税务总局对增值税专用发票等扣税凭证陆续实行了90日申报抵扣期限的管理措施，对于提高增值税征管信息系统的运行质量、督促纳税人及时申报起到了积极作用。近来，部分纳税人及税务机关反映目前的90日申报抵扣期限较短，部分纳税人因扣税凭证逾期申报导致进项税额无法抵扣。为合理解决纳税人的实际问题，加强税收征管，经研究，现就有关问题通知如下：
　　一、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
　　二、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
　　未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
　　三、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
　　四、增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在本通知第一条规定期限内，按照《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八条及相关规定办理。
　　增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在本通知第二条规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
　　五、本通知自2010年1月1日起执行。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
 　　《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）第一条、《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）附件2《运输发票增值税抵扣管理试行办法》第五条、《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]55号）第十条、《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函[2004]128号）附件1《海关进口增值税专用缴款书稽核办法》第三条、《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第（三）款、《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148号）第二条、第三条、第四条、《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发[2008]117号）第五条、《国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》（国税函[2009]83号）第一条规定同时废止。?
　　六、各地应认真做好本通知的落实与宣传工作，执行中发现问题，应及时上报国家税务总局（货物和劳务税司）。